Three Sisters es un juego estratégico de rodar y escribir sobre agricultura de traspatio. Three Sisters lleva el nombre de una técnica agrícola indígena que aún se usa ampliamente en la actualidad en la que se plantan tres cultivos diferentes, en este caso, calabazas, maíz y frijoles, uno al lado del otro. El maíz proporciona una red para que los frijoles trepen, los frijoles traen nitrógeno del aire al suelo y la calabaza proporciona una cubierta de mantillo natural para reducir las malezas y mantener alejadas a las plagas.
En el juego, tienes tu propia hoja de jugador con múltiples áreas: el jardín, que se divide en seis zonas numeradas, cada una de las cuales contiene los tres tipos de cultivo; el colmenar compost; plantas perennes; bienes; fruta; y el cobertizo, que está lleno de herramientas que tienen habilidades especiales. Todos los cultivos, frutas, flores y colmenas están representados por huellas que irás marcando a medida que adquieras estos artículos. Muchas de las pistas están interconectadas con otros elementos del juego, brindándote bonificaciones en el camino. Una característica común de estas huellas son los círculos que representan una cosecha, que genera bienes; obtenga suficientes bienes y desbloqueará acciones de bonificación. Avanzar en todas estas pistas ofrece varias cantidades de puntos, avances y bonificaciones.